工程预付款的支付流程一般为分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算；竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式；按月结算，即每个月结算一次；双方约定的其他的结算方式。
一、工程预付款支付流程
（一）施工单位提交预付款《工程款支付申请表》给预算专员，施工单位项目经理要签字确认；
（二）预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署预付款《工程款支付申请表》然后交给财务部；
（三）财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，然后将审核审批通过的《工程款支付申请表》交给出纳安排付款。
二、工程价款预付款计算的方式
对于施工企业常年应备的备料款限额，可按下式计算：备料款限额=年度承包工程总值*主要材料所占比重/年度施工日历天数*材料储备天数。
预付备料款限额由下列主要因素决定：主要材料（包括外购构件）占工程造价的比重，材料储备期;施工工期。一般建筑工程不应超过当年建筑工作量（包括水、电、暖）的30%，安装工程按年安装工作量的10%，材料占比重较多的安装工程按年计划产值的15%左右拨付。
三、有关工程预付款的规定
工程预付款拨付的时间和金额应按照发承包双方的合同约定执行，合同中无约定的宜执行《建设工程价款结算办法》（财建[2004]369号）的相关规定执行：
（一）包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。计价执行《建设工程工程量清单计价规范》的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。
（二）在具备施工条件的前提下，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，发包人不按约定预付，承包人应在预付时间到期后10天内发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不按要求预付，承包人可在发出通知14天后停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的利息（利率按同期银行贷款利率计），并承担违约责任。
（三）预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。
（四）凡是没有签订合同或不具备施工条件的工程，发包人不得预付工程款，不得以预付款为名转移资金。
以上就是小编为你介绍的关于工程预付款支付流程的相关内容，由此可见，依据《建设工程施工合同》的相关规定，实行工程预付款的，双方应当在专用条款内约定发包人向承包人预付工程款的时间和数额，开工后按约定的时间和比例逐次扣回。若你还有其他疑问，欢迎咨询律师。