擅自变更土地使用用途的处罚是由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交还土地，处以罚款，没有经过批准就擅自改变土地性质的这种行为，有可能就构成了非法占地行为，情节非常严重的，甚至要追究刑事责任的。就算要变更土地使用用途，也要依法办理变更手续。
一、擅自变更土地使用用途的处罚是什么?
1、对于已经审批建设用地，擅自改变土地用途的(比如审批建设用地为工业用地，用作商业用地或居住用地)。根据《中华人民共和国土地管理法》第八十条 依法收回国有土地使用权当事人拒不交出土地的，临时使用土地期满拒不归还的，或者不按照批准的用途使用国有土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交还土地，处以罚款。
2、对未经批准擅自改变土地性质的行为，根据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条和第七十七条的规定，属非法占地违法行为，对于这类违法行为，一般采用责令拆除和并处罚款(农村村民个人建房除外不罚只拆)，构成刑事责任的移送司法机关。
二、如何办理改变用途审批手续?
《土地管理法》第56条规定，建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地;确需改变土地建设用途的，应当经国土资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划主管部门同意。《城市房地产管理法》第18条规定，土地使用者需要改变土地使用权出让合同约定的土地用途的，必须取得出让方和市、县人民政府城市规划行政主管部门的同意，签订土地使用权出让合同变更协议或者重新签订土地使用权出让合同，相应调整土地使用权出让金。《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第18条规定，土地使用者需要改变土地使用权出让合同规定的土地用途的，应当征得出让方同意并经土地管理部门和城市规划部门批准，依照本章的有关规定重新签订土地使用权出让合同，调整土地使用权出让金，并办理登记。《城乡规划法》第37、38、43条规定，城市、镇规划区内以划拨、出让方式取得国有建设用地使用权的，建设单位均要取得城乡规划部门核发的建设用地规划许可证。建设单位应当按照规划条件进行建设;确需变更的，必须向城乡规划部门提出申请。建设单位应当及时将依法变更后的规划条件报有关国土资源主管部门备案。
从法律法规的规定可以看出，用地者取得的国有建设用地使用权的土地用途，经过批准，是可以变更的。根据原供地方式、地块所在区域的不同，国有建设用地的改变原批准用途的审批主要有两种情况：
1、是出让国有建设用地改变用途的，应当经国土资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。如果地块在城市、镇规划区内，还要先经城乡规划主管部门审批同意变更规划条件。经批准改变原用途的，重新办理用地手续，重新签订或者变更土地使用权出让合同、调整土地使用权出让金、办理土地变更登记等。
2、是划拨国有建设用地改变用途的，审批程序与出让国有建设用地类似。但要注意的是，批准改变原用途的，改变后的用途如符合《划拨用地目录》的，经批准，可以继续以划拨方式使用，办理相应的划拨用地手续，换发新的国有土地划拨决定书;改变后的用途如不符合《划拨用地目录》的，应当依法办理有偿用地手续。
所谓的土地使用用途，这是因为土地使用权人当时通过出让的这种方法获得土地使用权的时候，在土地出让合同当中就明确的标明了，将来这块土地所开发的项目，结果有些人可能，实质的用途跟，出让合同当中写的用途根本就不一样，不通过合法的手续变更土地使用用途的后果是很严重的。