处理无效的工程合同的方式需要看工程验是否合格，如果验收不合格，并且在修复后仍验收不合格的，则不予支付工程价款。建筑工程合同无效的情形有违法分包、转包等。
一、
如何处理无效的工程合同
如下处理无效的工程合同：
1.施工完毕且验收合格的可以按照合同约定价款或者按照实际结算，价款差额不予支付;
2.施工完毕但验收不合格的经修复验收合格按照上述办法结算，经修复验收不合格不予支付;
3.尚未施工完毕合同被确认无效的应当停止施工，视已经完成的工程量是否合格依据上述办法结算。
法律依据：《民法典》
第七百九十三条 建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
(一)修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用;
(二)修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
二、
工程合同无效的情形
找法网提醒您，建筑工程合同无效的情形有：
1.承包人未取得建筑施工单位资质或者超越资质等级；
2.没有资质或没有相应资质的实际施工人借用有资质的建筑施工单位名义的（“挂靠”）；
3.必须招标的未进行招投标或中标无效：
4.违法分包。
5.转包。承包人承揽工程后非法转包工程的，签订的建设工程施工合同无效。
三、
工程合同无效纠纷的诉讼时效
工程合同的诉讼有效期是三年。工程合同纠纷诉讼属于民事诉讼，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
法律依据：《民法典》
第一百八十八条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。